A birodalmi erők maradékát vezető Thrawn főadmirális könyörtelen csapásai meggyengítették az Új Köztársaságot. A császár Tantiss-hegyi titkos raktárában talált spaarti-hengerek segítségével a Birodalom egy újabb klónhadsereget állított fel, és megkezdte a lázadók erőinek megsemmisítését.
Mialatt a főadmirális az utolsó, mindent eldöntő ütközetre készül, Talon Karrde egy csempészekből álló szövetség létrehozásán fáradozik, azzal a céllal, hogy egy végső, elkeseredett támadásra vezesse őket a Birodalom ellen. A széthullóban lévő Köztársaságot a gyermekei születését váró Leia hercegnő próbálja meg összetartani.
A mindent elsöprő túlerővel szembenéző lázadóknak végül csupán egyetlen lehetőségük marad: Luke Skywalker vezetésével egy különítményt küldeni a klónozóhengereket őrző erődítménybe, hogy elpusztítsák ezt a szörnyűséges technológiát. A csapatnak azonban nem várt veszélyekkel kell megküzdenie, hiszen a helyőrség felett C'baoth Mester, az utolsó Sötét Jedi veszi át az irányítást?